Biologisen käymälän käytössä ilmastoinnilla on keskeinen merkitys käymälätilan käyttömukavuuden kannalta. Jos mökillä on sähkö, on luonnollinen valinta 230 V:n sähkötuuletin. Jos mökki ei ole sähköistetty, on mahdollista valita 12 V:n tuuletin tai mekaaninen tuuletin ja tuuliviirihattu.